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演算法預測新冠變種 (貝思生物 王海天)

By on September 2, 2022

原文刊於信報財經新聞「StartupBeat創科鬥室

研發新冠病毒疫苗,臨床測試不可或缺,惟過程至少要4個月,恐難追趕病毒變種速度。有本地科研團隊開發一項生物訊息演算法,數小時便可評估疫苗效力,聲稱準確度高達95%。今次請來貝思生物創辦人王海天教授,講解如何以病毒測序數據,協助藥廠研製新款疫苗。

主持:(陳)陳施敏 《信報》科技記者

嘉賓:(王)王海天 貝思生物創辧人、中大賽馬會公共衞生及基層醫療學院副教授

陳:藥廠研發疫苗,主要涉及哪些程序?箇中有何挑戰?

王:新冠病毒流行以來,目前使用的疫苗抗原,仍然是針對疫情初期的病毒。然而,隨着新冠病毒不停變種,現時的病毒版本與最初已經截然不同。因此,基於最初病毒版本製作的疫苗,應對新變種病毒的有效性受到質疑。

王海天說,生物訊息演算法可預測病毒變種,在流感病毒上,已得到非常準確效果。(盧詠賢攝)

新冠病毒出現前,一直有相關挑戰存在,例如流感病毒會不停演化,但迫切性未算嚴重,就算抗原不準確,疫苗的有效性平均亦有五成,尚算可以接受。但是,新冠病毒變種速度更快,大幅度脫離現有疫苗的保護,所以挑戰更大。

助藥廠研製新款疫苗

陳:公司方案怎樣幫助藥廠研製疫苗?市場上有否同類方案?

王:團隊開發的演算法,有多種應用方法。其一,接種疫苗後,當某地出現新變種病毒,通過團隊的演算法,只需幾個小時,就可計算現時人群接種的疫苗針對新型變種病毒的保護性;毋須如以往般,要到人群接種疫苗、並感染病毒後,才能計算疫苗的保護性。

研發新冠疫苗需時至少4個月,難以追趕病毒的變種速度。(法新社資料圖片)

此外,在疫苗設計階段,演算法可根據每個地區流行的毒株、病毒組成,針對特定人群、地區,設計最適合的疫苗抗原,有助藥廠生產更準確、保護性更高的疫苗;甚至在臨床試驗前,已能預估疫苗的保護性,為藥廠設計試驗、選定試驗地點及時間等,提供重要訊息。

演算法還可預測病毒變種,在流感病毒上,已得到非常準確效果,足以預測未來8個月、12個月的病毒變化,協助藥廠把來年需要的疫苗抗原,提前用於疫苗生產;待6個月時間過去,屆時生產上市的疫苗,便能夠應對當時流行的病毒。

基於最初病毒版本製作的疫苗,應對新變種病毒的有效性受到質疑。(路透資料圖片)

海量數據提高精細度

陳:公司預測時,要分析大量醫學數據,過程會否滯後?研發遇上什麼挑戰?

王:團隊在2017年開始研發,屬於交叉學科,成員來自不同專業方向,包括應用數學、計算機科學、公共衞生等。當時一直針對流感疫苗,一大挑戰在於數據有限。

以往甚少進行檢測,全球每年的流感病毒只有幾百條基因測序,就算加上過去十幾年的數據,亦只有幾千條。直到新冠病毒出現,全球政府才開始看重檢測,次數更加頻繁,能提供的數據出現爆炸性發展,大大提升演算法的精細度。

根據團隊去年今年發表的文章類比,兩者分別針對流感病毒及新冠病毒作研究,當時演算法對H1N1病毒的準確度是55%,H3N2病毒約65%,新冠病毒則高達95%。團隊認為,在結合新的流感病毒數據、把演算法升級後,預測H3N2病毒的準確率料升至85%。

預測模型顯示,當變種新冠病毒Omicorn流行後,mRNA疫苗效用顯著降低。(Nature Medicine網上圖片)

數據滯後方面,現時能收集的數據,是接近兩星期以前的數據,這已是全球科學家及政府共同努力達到的成果。我們期望全球續合作,縮小數據滯後性,甚至達至即時的程度。

陳:對於全球疫苗市場,你預期規模有何轉變?對公司發展有何幫助?

王:團隊技術適用於所有疫苗平台,有助藥廠節省研發時間、資源,並增加疫苗成功的機會。公司目前已跟數間疫苗廠合作,應用相關技術協助設計mRNA(信使核糖核酸)新冠病毒疫苗。

疫苗市場每年增長率高,包括流感、HPV(人類乳頭瘤病毒)等不同疫苗。現時疫苗廠漸多,加上更關注疫苗的保護性,藥廠對新技術的需求將愈發重視。

王海天透露,公司目前已跟數間疫苗廠合作,應用相關技術協助設計mRNA新冠病毒疫苗。(盧詠賢攝)

不過,香港市場包括投資者、政府等,對「見得到、摸得着」的商品更易明白,但對我們這類新興學科不大理解。團隊發表論文前,不少人認為在接種疫苗並感染病毒前,計算疫苗有效性是天方夜譚,惟只要有大量數據及驗證證明,事實上是可以做到。

公司已入駐科學園,並得到生物醫藥科技培育計劃(Incu-Bio)、大學科技初創企業資助計劃(TSSSU)等支持,現正進行第一輪融資計劃,目標金額至少200萬美元(約1560萬港元),冀擴展公司研發及轉化團隊,讓更多藥廠了解公司的技術,促成更多商業合作。

註:以上嘉賓訪問均屬個人意見,與本報立場無關。

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